Dans l’Antiquité tardive les hauteurs du site d’Aubigny sont occupées par un site gallo-romain monumental très important composé de un ou de plusieurs fana (ou fanum, monuments funéraires commémoratifs), dont le site dominait remarquablement le carrefour de la VR de Trèves à Lyon en contrebas, avec son embranchement vers Genève. Ce(s) monument(s) dominai(en)t une importante agglomération gallo-romaine secondaire, dont les habitations s’étiraient en haut du village d’Aubigny, sous les maisons actuelles. |Sur la fin du premier millénaire, on trouve en 870 l’existence d’une exploitation rurale (villa) et/ou une position défensive de la première féodalité (dont les vestiges ont été vus en 2006 à mi-coteau) derrière le lavoir restauré. Cette villa avec sa chapelle et son cimetière, sera à l’origine de la paroisse mérovingienne d’Aubigny, dont la chapelle a exactement repris l’emplacement du/des fanum gallo-romain. Plus tard, il sera question dans deux chartes non datées du XIIe siècle du village actuel d’Aubigny (villa Albiniaci ou villa Albiniacensi) autour de la ferme d’origine (villa) vers la fin de l’époque carolingienne, avec cette fois la présence d’une église, de son aître (territoire paroissial) et de son cimetière.
En 1099, les moines de l’abbaye bénédictine de Bèze (Côte D’or) encouragés par l’évêque de Langres viennent fonder un prieuré en ce haut lieu, qui est richement doté par les seigneurs de Montsaugeon. Les bénédictins établissent les bâtiments de leur prieuré sur la vaste terrasse du cimetière d’Aubigny contre l’église au Sud, et feront de celle-ci une église paroissiale et prieurale, qui intégrera au milieu du XIIIe siècle les habitants du tout nouveau village de Vaux-sous-Aubigny tout juste créé en contrebas contre la grande route, puis de Couzon.
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